瞿昙寺是目前我国西北四区保存最完成的明代皇家风范的建筑群，在历史上有着极高的名声，从明朝历代多次赐匾额、修佛堂、立碑记、封国师、赐印诰，影响颇大。青海湖心修行的高僧三罗喇嘛去见朱元璋，请求皇上给他的小佛堂赐名。朱元璋为三罗喇嘛修建的佛堂赐匾额“瞿昙寺”。朱允炆（建文帝）即位四年后，燕王朱棣以“清君侧”为由起兵争夺皇权，建文帝辗转逃到今瞿昙寺，跟随三罗喇嘛修行，朱棣随即派遣孟继等四太监和指挥使田选，监督建文帝。永乐帝迁都北京，修建北京故宫的同时，在瞿昙寺现址修建高原小故宫，以化解叔侄矛盾。